厚労省の「新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け）令和２年４月１０日時点版」には「問６ 新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請・指示により、事業を休止し、労働者を休業させる場合、どのようなことに注意すべきですか。」「問７ 新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請・指示を受けて事業を休止する場合、労働基準法の休業手当の取扱はどうなるでしょうか。」等が掲載されています。
このうち【問７】については、
労働基準法第26条では、使用者の責に帰すべき事由による休業の場合には、使用者は、休業期間中の休業手当（平均賃金の100分の60以上）を支払わなければならないとされています。不可抗力による休業の場合は、使用者に休業手当の支払義務はありませんが、不可抗力による休業と言えるためには、
①その原因が事業の外部より発生した事故であること
②事業主が通常の経営者としての最大の注意を尽くしてもなお避けることができない事故であること
という要素をいずれも満たす必要があります。
①に該当するものとしては、例えば、今回の新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請などのように、事業の外部において発生した、事業運営を困難にする要因が挙げられます。
②に該当するには、使用者として休業を回避するための具体的努力を最大限尽くしていると言える必要があります。具体的な努力を尽くしたと言えるか否かは、例えば、
・自宅勤務などの方法により労働者を業務に従事させることが可能な場合において、これを十分に検討しているか
・労働者に他に就かせることができる業務があるにもかかわらず休業させていないか
といった事情から判断されます。
したがって、新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や、要請や指示を受けて事業を休止し、労働者を休業させる場合であっても、一律に労働基準法に基づく休業手当の支払義務がなくなるものではありません。
（疑問点等があれば、お近くの労働局及び労働基準監督署（https://www.mhlw.go.jp/kouseiroudoushou/shozaiannai/roudoukyoku/index.html）に御相談ください。）
とされています。
①については、緊急事態宣言の対象となっているとしても、休業をする事業が具体的な要請（24条9項の「協力要請」と45条2項の「要請」でも取り扱いが異なると思われます）の対象となっているか否か、要請の内容にもよると思われます。
また、その場合でも②にあるように休業回避の具体的努力を最大限尽くしているかを吟味する必要があります。
その結果、結論としては「したがって、新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や、要請や指示を受けて事業を休止し、労働者を休業させる場合であっても、一律に労働基準法に基づく休業手当の支払義務がなくなるものではありません」となることも分からないではありませんが、現場の判断は難しいかもしれません。また雇用調整助成金の特例措置との兼ね合いも生じうるところです。
新型コロナに関連する事業の休止と休業手当については労働者側の立場からは
・YAHOOニュース「緊急事態宣言でも、休業手当は支給されねばなりません」（嶋崎量弁護士：日本労働弁護団常任幹事）
の記事が、使用者側の立場からは
・YAHOOニュース「非常事態宣言後の休業手当、厚労省の見解は」倉重公太郎弁護士（倉重・近衞・森田法律事務所代表）
の記事が、それぞれ大変参考となります。
労働者も使用者も大変厳しい状況にありますので、まさに「二者択一」ではない、国による迅速な補償・助成の拡充が求められるところです。